Sur la base Mérimée des monuments historiques, on peut lire:
L'église Saint-Jacques est implantée au centre du petit village de Cotdoussan, appelé aussi Castelloubon, nom de l'important
château des vicomtes du Lavedan dominant le site.
On ignore la date d'implantation de l'édifice qui apparaît cependant d'origine médiévale, On note la présence, près d'une grange
située à l'est du village, d'un sarcophage trapézoïdal de type mérovingien mais on ignore sa provenance.
S'il a été mis au jour sur le site de l'église, cette dernière pourrait donc remonter au haut moyen âge.
Le cimetière est édifié sur un tertre évoquant un enclos ecclésial des 11e et 12e siècles. Du 12e siècle doit dater une ancienne
cuve baptismale remployée en vasque de fontaine à l'entrée de Cotdoussan.
Le site a subi d'important dégâts suite au tremblement de terre de 1660 et l'église a été largement rebâtie et décorée ensuite.
La date de 1661 est portée sur une pierre décorée de symboles jacquaires, remployée dans la nef. Il pourrait s'agir de l'ancien
linteau de la porte. La paroisse comprend à l'époque moderne une importante confrérie en l'honneur de saint Jacques.
Durant le 18e siècle, des travaux importants paraissent réalisés. L'enquête des paroisses de 1783 évoque la construction du clocher,
la visite pastorale de 1807 mentionne une reconstruction récente de l'église, peut-être liée à la date de 1790 gravée sur la porte actuelle.
Aux 19e et 20e siècles Cotdoussan perd de l'importance au plan religieux et l'église se dégrade par la ruine de chapelles latérales et
le manque d'entretien. Les communications avec les chapelles latérales disparues sont fermées et deviennent des niches pour des autels.
Le retable principal est démembré et ses épaves disposées en divers points de l'édifice. Le clocher, autrefois terminé par une flèche d'ardoise,
la perd dans les années 1960. L'église n'accueille finalement plus de messes.
En 1979 elle est inscrite Monument historique et, dans les années 1990-2000, une importante campagne de restauration est menée sur le bâti
et le mobilier avec reconstitution du retable démonté.
L'église fait aussi partie des quatre lieux de culte labellisés Unesco au titre des Chemins de Saint-Jacques dans les Hautes-Pyrénées.